在河湖长制背景下，应进一步明确河湖健康评价工作的目标定位，适当拓展河湖健康评价的内涵，逐步完善河湖健康评价的方法，切实强化河湖健康评价在河湖长制工作中的应用，并推动河湖长制向高质量发展。

在全面推行河湖长制的背景下，由河长制工作部门主导河湖健康评价，其更大意义在于对河湖健康维护成效即河湖管理成效的评价，以及对河长履职和河湖长制工作成效的侧面评价。换句话说，河湖健康评价应以检验和衡量河湖长制及河湖管理成效为目标和导向，应与河湖长制考核工作有机结合:比如将河湖健康评价指标作为组成部分，纳入到河湖长制考核指标体系;或者将河湖健康评价指标和河湖长制考核指标进行整合，在保留前者自然属性和功能属性有关指标的基础上，增加管理成效性指标，直接过渡为河湖长制考核指标，突出河湖长制考核的结果导向。